秦某与孙某于2008年6月3日签订的《房屋买卖合同》，系双方当事人自愿达成的真实意思表示，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，应属合法有效。

合同签订后，秦某支付了约定的购房款，孙某交付了房屋和房产证书原件。但从双方陈述的事实看，因涉案房屋所在地的土地2014年被纳入政府拆迁改造范围，故双方至今仍未办理房屋产权变更登记手续。

依据《中华人民共和国物权法》第九条第一款“不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力;未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外”之规定，秦某虽然与孙某签订了《房屋买卖合同》，并按照合同的约定向孙建国交清了全部购房款，但因未在房地产管理部门办理房屋所有权权属变更登记，故秦某对所购买的房屋虽实际占有、使用、收益，但并没有实际取得所购房屋的房屋所有权。

依据《中华人民共和国物权法》第二十八条“因人民法院、仲裁委员会的法律文书或者人民政府的征收决定等，导致物权设立、变更、或者消灭的，自法律文书或者是人民政府的征收决定等生效时发生效力”之规定，因所购房屋物权已因拆迁而消灭，则秦某已无法取得所购房屋的产权。孙某作为涉案房屋登记的所有权人，与重庆市南川区国土资源和房屋管理局签订的国有土地上房屋征收补偿协议书，合法有效。在一定意义上而言，孙某在该协议中的合同权利即为其出卖给秦某的房屋及土地使用权的对价。

依据《中华人民共和国合同法》第一百三十五条“出卖人应当履行向买受人交付标的物或者交付提取标的物的单证，并转移标的物的所有权的义务”之规定，孙某在已收取了购房款的情况下，本应及时将出卖房屋过户登记至秦某名下，现因政府拆迁政策的原因而致涉案房屋物权消灭，在此情况下，秦某可选择解除合同，也可选择主张所购房屋产权消灭的对价—拆迁补偿款，现因孙某亦尚未实际领取拆迁补偿款，则秦某请求确认其享有上述征收补偿协议中孙某所出卖给秦某的房屋及土地使用权等财产所对应的拆迁补偿款，符合法律规定和权利义务相一致原则，应予支持。

秦某在庭审中明确其主张的拆迁补偿款项系按照上述拆迁协议中孙某所享有的合同权益作为依据，故本案拆迁协议所指向的有证部分房屋及对应土地使用权等的拆迁补偿费用，理应由秦某享有，孙某因已将被征收标的物出卖并收取了购房款而无权重复享有征收补偿款。